1558.g. pāri Livonijai pārbrāzās pirmais maskaviešu uzbrucēju vilnis. Cēsu apkaimi tas vēl skāra maz, tomēr jūlija mēnesī pie Cēsīm krieviem izdevās sakaut kādu ordeņa spēku nodaļu.
Cēsu apkaimi karš sāka postīt 1559. gada sākumā, otrā maskaviešu uzbrukuma viļņa laikā. Krievi atkal iebruka Livonijā un karadarbība pārgāja uz Vidzemi. Iebrucēji ieņēma arī Nītaures, Skujenes un Zaubes pilis, kā arī arhibīskapijas “latvju gala” lielāko daļu. Šeit viņi nodedzināja Piebalgu. Savukārt 1561.g. iebrukums izpostīja Gaujas labo krastu pie Cēsīm. Tomēr galvenie kara notikumi Cēsīm līdz tam brīdim gāja secen.
1560. gadā sekoja trešais maskaviešu iebrukums. Pēc Livonijas karaspēka sagrāves 1560.g. Ērģemes kaujā, Livonijas kārtu pārstāvji meklēja glābiņu padošanās līgumā kādai ārvalstij. Vairums Livonijas valstu augstāko vadītāju izšķīrās par padošanos Polijas karalim Sigismundam Augustam, kurš šajā laikā izlēma uzņemties virskundzību pār Livoniju. 1561.g. oktobrī un novembrī Viļņā uzturējās Rīgas arhibīskaps Brandenburgas Vilhelms un ordeņa mestrs ketlers, kā ari Cēsu, Rīgas un Valmieras pārstāvji. Cēsu delegāciju vadīja pilsētas birģermeistars Detmars. 1561.gada 28. novembrī pēdējais Livonijas ordeņa mestrs Gothards Ketlers Viļņā noslēdza attiecīgu līgumu ar Sigismundu augustu.
Livonijas kara lielāko daļu Cēsu novads cieta no apkārtnē sirojošām dažādu armiju vienībām, kuras sev šajā apvidū meklēja pārtiku – laupīšanas ceļā. Tomēr masveida raksturu postījumu ieguva tikai Livonijas kara beigu posmā, kad Cēsu apkaime vairākus gadus bija nopietnu kauju arēna.
1577. gada vasaras beigās Jāņa Briesmīgā karapulki, kurā bija aptuveni 30 000 karavīru atkal ieradās Cēsu novadā, pa ceļam atkārtoti ieņēmuši un izpostījuši Piebalgas pili, kā arī ieguvuši Jaunpili- tagadējo Zaubi, un Āraišus. Septembrī cara karaspēks atradās tuvu Cēsīm, kuras šajā laikā bija Livonijas hercoga Magnusa rokās. Magnuss bija izplatījis baumas, ka Livonijas pilis, kuras padzīs poļus un padosies viņam kā cara vasalim, Jāņa Briesmīgā karavīri nepostīs. Arī cēsinieki noticēja Magnusa vārdiem, padzina poļu garnizonu un pakļāvās viņam. Magnuss bija Kurzemes un Sāmsalas bīskapijas valdnieks, kuras viņam bija nopircis viņa brālis Dānijas karalis, kā arī viņu 1570. gadā Jānis Briesmīgais pasludināja par Livonijas karali, protams attiecībā uz Magnusu viņam bija savi nolūki, jo viņš vēlējās panākt sev atbalstu no Dānijas puses.
Pārliecinājies, ka cara cerības noturēties Livonijā ir ļoti apšaubāmas, Magnuss uzsāka visai divkosīgu politiku. Vārdos izlikdamies par cara sabiedroto un viņa vārdā pakļaudams sev agrāk poļu pusē pārgājušās Livonijas pilsētas, viņš, vienlaikus, sāka slepenas sarunas ar poļiem. Šī ziņa nāca cara ausīs. Tāpēc, atnācis pie Cēsīm, cars pieprasīja Magnusa ierašanos savā nometnē, bet kad Livonijas karalis, baidīdamies no personiskas tikšanās, mēģināja izlīdzēties ar sūtņiem, Jānis Briesmīgais tos vienkārši pavēlēja nopērt un aizsūtīt atpakaļ. Magnuss pēc cara pieprasījuma lika atvērt Cēsu pilsētas vārtus un devās pie Jāņa Briesmīgā lūgt žēlastību, bet krievi tūlīt iebruka Cēsīs un sāka tās izlaupīt. Nelielai daļai pilsētnieku izdevās patverties pilī.
Jānis Briesmīgais nekavējoties lika Magnusu apcietināt un viņu kopā ar pavadoņiem, ieslodzīja kādā mājelē bez jumta. Cēsu pils iemītnieki, uz cara žēlestību necerēdami, jo ne velti viņu sauca par Jāni Briesmīgo, nolēma pretoties.
4. septembrī sākās piecas dienas ilga pils apšaude. Pils mūri sāka plaisāt un grūt. Drīz vien noskaidrojās, ka pili vairs nav iespējams noturēt, tāpēc pilī esošie, kuri varētu būt ap 300 cilvēkiem, nolēma labāk padarīt sev galu, lai tikai nenokļūtu krievu rokās. Viņi sapulcējās pils zālē un viens no klātesošajiem aizdedzināja pagrabā esošās pulvera mucas. Pēc notikušā sprādziena krievi ieņēma pili. Bojāgājušo vidū viņi vēl atrada kādu vīru, kuru aiznesa pie cara. Bet tur viņš uzreiz nomira. Tad cars pavēlēja viņa līķi uzdurt uz mieta un tikpat briesmīgos vedos krievi izrēķinājās ar sagūstītajiem cēsiniekiem. Pēc tam lielkņazs Cēsīs pie sievām un jaunavām pastrādāja tādus kauna darbus, kādi nav dzirdēti padarīti ne no vieniem citiem tirāniem. Vīriešus sašautus, ievainotus un asiņainus cepināja uz uguns. Vienam birģermeistaram izrāva sirdi no krūtīm un vienam mācītājam izgrieza mēli no mutes. Pārējos nomocīja briesmīgā kārtā un viņu līķi tika nosviesti par barību putniem un dažādiem plēsīgiem zvēriem, un viņi nelāva šos cilvēkus apglabāt.
Varbūt nemaz cēsiniekus nebūtu sagaidījis šāds liktenis, ja viņi nebūtu labprātīgi pakļāvušies un noticējuši Magnusam.
Tālāk cara karaspēks devās uz Raunu. Šeit kaujas nebija, jo vietējais garnizons bija lietuviešu, kuri labprātīgi padevās un tiem atļāva doties atpakaļ uz Lietuvu, bet krievi pamatīgi nostiprinājās Raunā.
Krievu rokās pussagrautā Cēsu pils nepalika ilgi. Jau decembrī pilsētas tuvumā ieradās ap 400 karavīru, kuri bija vāciešu, poļu un latviešu, viņus komandēja Pārdaugavas hercogistes pārvaldnieka Hodkeviča rakstvedis Johans Bīrings (saukts arī par Bīriņu), kuri jau pirms tam viltus ceļā bija atņēmuši Turaidu, Āraišus un vēl dažas pilis Atklātam uzbrukumam Cēsu pilij spēku bija daudz par maz tādēļ nācās ķerties atkal pie viltības.
Nakts tumsā un klusumā uzbrucēji pielika kāpnes pie pils ārējā mūra un to pārkāpuši, ieņēma vārtus, kuri saistīja pili un pilsētu. Sākās trauksme. Pilī esošie krievi mēģināja nokļūt pilsētā, bet tie kuri bija tur, savukārt metās meklēt glābiņu pilī. Krievi pārsteigti konstatēja, ka pils vārtos jau atrodas ienaidnieks. Sākās panika, jo pilī esošie domāja, ka ienaidnieks jau ieņēmis pilsētu, bet pilsētā atrodošies tāpat domāja par pili. Sākās krievu bēgšana visos virzienos; bailēs tie mēģināja slēpties, bet Bīringa karavīri tos sameklēja un nogalināja.
Cēsu pils zaudēšana iezīmēja lūzumu kara gaitā. Pārtrūka Maskavijas cara Jāņa Briesmīgā uzvaru sērija.
Protams Cēsu notikumi satracināja Jāni briesmīgo. Viņa karaspēks joprojām atradās Cēsu apkaimē, jo atņemt krieviem Raunas pili neizdevās un krievi tur palika līdz pat 1582. gadam. Gaidot neizbēgamo krievu uzbrukumu, Bīrings steigšus nocietināja Cēsis.
1578. gada pavasarī krievi atkal bija klāt pie Cēsīm, ielenca tās un vairākkārt centās sturmēt tās, bet neveiksmīgi.
Ielenkto stāvoklis tomēr bija smags. Sākās pārtikas trūkums, ielencēju spiediens pastiprinājās. Bīrings ar nelielu karavīru pulciņu nakts laikā izlavījās caur aplencēju loku un devās uz Rīgu pēc palīdzības. Savācis pārtiku un karavīrus, Bīrings izplatīja baumas par liela karaspēka tuvošanos . Tādēļ krievi pārtrauca aplenkumu un devās prom. Atkal bija iedarbojies Bīringa viltus paņēmiens.
Tiesa, cīņa vēl nebeidzās, jo gada beigās krievi atkal mēģināja ieņemt Cēsis, tomēr situācija Baltijā bija mainījusies. Oktobra beigās pie Mujāniem, kopīgai cīņai pret krieviem bija apvienojušies zviedri un poļi. Šis bija pirmais gadījums, kad Livonijas kara laikā zviedri un poļi rīkojās kopīgi. Drīz vien apvienotais karaspēks nonāca pie Cēsīm, forsēja Gauju un uzbruka krieviem. Sekoja kauja, kuras rezultāts faktiski izšķīra Livonijas kara iznākumu. Tā viņi padzina krievu karaspēku un 1578. gadā noslēdzās kauja pie Cēsīm.
Izmantotā literatūra.
1.Daumants Vasmanis “Cēsu novada pagātnes ainas” Cēsu muzeju apvienība 1996